Die Aufbauorganisation des ZIVIT ist funktional ausgerichtet. Sie gliedert sich in die Fachbereiche "Service und Betrieb" und "Verfahrensentwicklung und -pflege". Dies ermöglicht eine ungeteilte Fachverantwortung für den jeweiligen Bereich und stellt sicher, dass Projekte auch unterhalb der Bereichsebenen organisiert werden können. So lassen sich weitere Teilverantwortungsebenen definieren und entsprechende Delegationsmodelle entwickeln. Um fachübergreifende Aufgaben kümmert sich die "Querschnittabteilung". Zu ihren Aufgaben gehören Organisation, Personal und Haushalt (OPH), Innerer Dienst, Aus- und Fortbildung, zentrale IT-Beschaffung und IT-Vertragsmanagement, operatives Controlling (Kosten- und Leistungsrechnung), strategische IT-Planung, Ressourcen-, Projekt-, Sicherheits-, Change- und Konfigurationsmanagement, operative Planung sowie Kunden- und Auftragsmanagement.
Folgendes Organigramm veranschaulicht die Aufbauorganisation des ZIVIT: