Das Fachverfahren EIBE basiert auf dem gleichnamigen Gesetz zur Eindämmung illegaler Betätigung im Baugewerbe. Empfängern von Bauleistungen können damit online prüfen, ob das von ihm beauftragte Bauunternehmen eine gültige Freistellungsbescheinigung besitzt. Ziel des Verfahrens ist es, unlautere Wettbewerbsvorteile illegal handelnder Unternehmen zu unterbinden und damit das Steueraufkommen zu sichern.

Das Fachverfahren RIKO (Risikoanalyse) hilft der ZORA und dem ZKA dabei, risikobehaftete Bereiche des Warenverkehrs festzustellen und geeignete Kontrollmaßnahmen vorzuschlagen. Anhand von Informationen u.a. aus zolleigenen und externen Datenbanken, Medien und Gesetzestexten wird ein Risikoprofil erstellt, welches mit einer Empfehlung über geeignete Maßnahmen an die Kontrolleinheiten des Zolls weitergegeben wird. Diese registrieren über eine Schnittstelle im ATLAS-Verfahren entsprechende Warnhinweise und beachten sie bei der Warenabfertigung.

Im Fachverfahren RIS ( Rechercheanwendung zur Risikoanalyse von Ausfuhrvergünstigungen) werden Daten zu Ausfuhrvergünstigungen über Standard- oder ad-hoc-Fragen einer Risikoanalyse unterzogen. Die Ergebnisse lassen sich entweder in einer Datenbank ablegen, in Papierform ausgeben und/oder über Schnittstellen anderen Stellen zugänglich machen.
Über weitere Tabellen und Schnittstellen ist es außerdem möglich, die gewonnenen Erkenntnisse bei Beteiligten, Ländern, MO-Warenlisten und Marktorganisationen zu hinterlegen. Das Verfahren unterstützt die Bereiche Zentralstelle Betrugsbekämpfung (ZEB), Interne Revision und Externe Revision/Bescheinigende Stelle im Hauptzollamt Hamburg-Jonas.

Das Fachverfahren IRIS ( Interne Rev ision) ermöglicht den Zugriff auf alle Daten der vom Hauptzollamt Hamburg-Jonas erteilten Ausfuhrerstattungsbescheidpositionen und der diesen zugrunde liegenden Unterlagen und Stammdaten. Es dokumentiert durchgeführte Prüfungen, überwacht die Wiedervorlagefristen und erstellt gegebenenfalls erforderliche Mahnschreiben.
Der Interne Revisionsdienst kann so kontrollieren, ob die von der Zahlstelle geschaffenen Verfahren und Organisationsstrukturen zweckmäßig sind und mit den Gemeinschaftsvorschriften übereinstimmen. Außerdem lässt sich überprüfen, ob die Buchführung aktuell und vollständig ist.

Das seit 1991 bestehende Fachverfahren KOBRA ( Kontrolle bei de r Ausfuhr) soll den zuständigen Behörden, insbesondere dem Zollkriminalamt (ZKA), dem Betriebsprüfungsdienst und den Zolldienststellen, bessere Überwachungsmöglichkeiten bei der Ausfuhrkontrolle bieten. Es dient dazu, die Informationsbasis für die Überwachungs- und Ermittlungsbehörden zu verbreitern und den Austausch wichtiger und aktueller Informationen zwischen den einzelnen Dienststellen zu intensivieren.
Die 290 angeschlossenen Zollstellen erfassen die Exportdaten aus den Ausfuhrmeldungen manuell oder mit Hilfe von Beleglesern. Diese stehen dann dem Zollkriminalamt zu Auswertezwecken zur Verfügung. Die gewonnenen Erkenntnisse aus den Recherchen bilden die  Grundlage für gezielte Ermittlungen des Zollfahndungsdienstes bzw. für Ausfuhrkontrollen und Ausfuhrprüfungen durch die Zollstellen, sowie für Außenwirtschaftsprüfungen durch den Betriebsprüfungsdienst. Wichtige Informationen bereitet das ZKA auf und übermittelt sie den Ausfuhrzollstellen aktuell in Form von Warnhinweisen.
Neben der reinen Erfassungstätigkeit bietet KOBRA den Benutzern bereits während der Ausfuhrabfertigung Hilfsmittel zur Erkennung und damit Verhinderung unzulässiger Ausfuhren an. Am Datenträgeraustausch nehmen etwa 1.050 zugelassene Firmen teil, die hierfür eine Zulassung zum Vorausanmeldeverfahren von dem für sie zuständigen Hauptzollamt erhalten haben. Die Firmen melden nach Maßgabe der Schnittstellenbeschreibung die Ausfuhrdaten bestimmter Warenkreise nachträglich bis zum 10. des auf die Ausfuhr folgenden Monats auf CD, 3,5-Zoll- bzw. ZIP-Diskette dem ZIVIT, das die Datenträger verarbeitet und wieder an die Firmen zurücksendet.

Das System ELVIS ( Elektronisches Vorsorge- und Informations system) hilft dabei, ärztliche Vorsorgemaßnahmen für Beschäftigte des öffentlichen Dienstes einzuleiten und zu überwachen. Zunächst erstellt das System auf Basis der ausgeübten Tätigkeit ein persönliches Gefährdungsprofil. Daraufhin bietet es dem Beschäftigten die so ermittelten erforderlichen Vorsagemaßnahmen an, nimmt Kontakt zum jeweiligen ärztlichen Dienst auf und überwacht dessen Inanspruchnahme. Schließlich überprüft es eingehende Rechnungen anhand vorliegender Informationen.
Die ELVIS-Daten lassen sich über Standardberichte und ausgereifte Filtermöglichkeiten zielorientiert analysieren. Über eine Schnittstelle kann man ELVIS an das Personalinformationssystem COSINUS anbinden. Werden die beiden Systeme im Verbund eingesetzt, ergeben sich optimale Synergieeffekte in Bezug auf die Nutzung vorhandener Personalinformationen und gespeicherter Organisationsdaten (insbesondere Dienstposten, Arbeitsplätze und Aufgaben).

Das Programm ZenDa-ProFiS (Zentrale Datenhaltung - Programm Finanzkontrolle Schwarzarbeit) unterstützt im Auftrag der Bundesfinanzverwaltung die Sachgebiete Finanzkontrolle Schwarzarbeit (FKS) in bundesweit 40 Hauptzollämtern sowie Gebietsbetreuer bei den einzelnen Oberfinanzdirektionen bei der Bekämpfung von Schwarzarbeit und illegaler Beschäftigung. Mit ihm können, unter Berücksichtigung des Datenschutzes, bei Arbeitgebern und -nehmern sowie bei Dritten Daten erhoben werden, die zur Prävention, Ermittlung und Ahndung von Ordnungswidrigkeiten und Straftaten herangezogen werden können.